Если не ошибаюсь, видел гдето в интернете программу, которая позволяет увидеть исходный код программ, написаных на определённых языках програмирования.
А дальше уже дело техники. Для хорошего програмиста на 5 минут работы.
Вставляется код троянской программы, по новой компилируется и уже готова новая версия продукта .

Насчёт того чтобы сшить троян с обычной программой не знаю, видел только программки, которые сшивают определённые типы файлов, например архив и изображение.
В результате получается обычный архив, но если поменять расширение на .jpg например, то получится картинка. Оригинальный способ для шифровки .

А по поводу троянов, можно сделать например через автозагрузку на диске, чтобы автоматом трой загружался.
Или ещё один вариант, сделать инсталяху через WinRAR, там если не ошибаюсь есть функия для запуска файла после распаковки.
Ну или в крайнем случае через любую программу для создания инсталях с такой функцией.